Identificación de polimorfismos de nucleótido simple en alpaca (Vicugna pacos) usando un panel de células híbridas irradiadas alpaca/hámster

Abstract

El objetivo del presente estudio fue identificar los polimorfismos de nucleótido simple (PNSs) usando un panel celular híbrido irradiado alpaca/hámster y una micromatriz de alta densidad del bovino. El análisis bioinformático se realizó en la Universidad Nacional Agraria La Molina. La metodología consistió en la genotipificación del panel celular y cuatro muestras controles utilizando una micromatriz de alta densidad para bovinos (BovineHD BeadChip-Illumina). El panel celular estuvo compuesto por 92 clones celulares híbridos irradiados alpaca/hámster con una retención igual o mayor al 40 % del genoma de alpaca. Los cuatro controles contuvieron ADN genómico de alpaca huacaya macho, alpaca huacaya hembra, la línea celular de hámster A23 y una mezcla de alpaca macho y hámster en una proporción de 1:10. Los análisis de datos fueron ejecutados con los programas GenomeStudio, Excel y R. Los resultados de genotipar las 4 muestras controles registraron 294,165 PNSs con señal positiva en la micromatriz y la cantidad final de PNS de alpaca después de filtrar y eliminar los PNS positivos comunes con hámster se identificaron un total de 50,686 PNS en el genoma de alpaca. En conclusión, se identificaron 6,5 % PNS del total de los PNS analizados en la micromatriz de alta densidad de bovinos.