Publicación:
Identificación de polimorfismos de nucleótido simple en alpaca (Vicugna pacos) usando un panel de células híbridas irradiadas alpaca/hámster

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Fecha
2017
Autores
Bernuy, Nataly
Suárez, Silvia
Vilchez,Carlos
Villanueva,María Elena
Título de la revista
Revista ISSN
Título del volumen
Editor
Universidad Nacional Toribio Rodríguez de Mendoza de Amazonas
Proyectos de investigación
Unidades organizativas
Número de la revista
Abstracto
El objetivo del presente estudio fue identificar los polimorfismos de nucleótido simple (PNSs) usando un panel celular híbrido irradiado alpaca/hámster y una micromatriz de alta densidad del bovino. El análisis bioinformático se realizó en la Universidad Nacional Agraria La Molina. La metodología consistió en la genotipificación del panel celular y cuatro muestras controles utilizando una micromatriz de alta densidad para bovinos (BovineHD BeadChip-Illumina). El panel celular estuvo compuesto por 92 clones celulares híbridos irradiados alpaca/hámster con una retención igual o mayor al 40 % del genoma de alpaca. Los cuatro controles contuvieron ADN genómico de alpaca huacaya macho, alpaca huacaya hembra, la línea celular de hámster A23 y una mezcla de alpaca macho y hámster en una proporción de 1:10. Los análisis de datos fueron ejecutados con los programas GenomeStudio, Excel y R. Los resultados de genotipar las 4 muestras controles registraron 294,165 PNSs con señal positiva en la micromatriz y la cantidad final de PNS de alpaca después de filtrar y eliminar los PNS positivos comunes con hámster se identificaron un total de 50,686 PNS en el genoma de alpaca. En conclusión, se identificaron 6,5 % PNS del total de los PNS analizados en la micromatriz de alta densidad de bovinos.
Descripción
Palabras clave
PNS, alpaca, genómica, micromatriz
Citación